选择性均衡化阶段是一个控制性5%吸收过充电来进行均衡化和均衡每个BB电池的电压和比重。均衡化与产生类似成层现象（在电池底部的电池酸浓度较大)的化学反应相反。它也有助于消除可能已在极板表面或之间产生的硫酸盐晶体。推荐的(均衡化）频次因电池厂家而异，从每月一次到每年一次或根据比重测试(电池间差值为0.03(或30点)或以上)。为了进行均衡化，先检查每个电池的电解液液位，但不过度加液，然后给电池完全充电。接着按电池厂家的推荐增加充电电压，或如不适用，增加5%。在每个电池应该开始出现强烈的析气。每小时记录一次每个单体电池的比重读数。只要在析气阶段期间比重数值不再升高，就已出现均衡化。确保极板任何时间都被电解液覆盖，如需要的话，添加蒸馏水，但不要过度加液。如果有电池厂家推荐，才能进行均衡化。